项目管理系统与传统的部门管理相比，最大的特点是项目管理注重于综合性管理，并且项目管理工作有严格的时间期限。项目管理系统必须通过不完全确定的过程，在确定的期限内生产出不完全确定的产品，日程安排和进度控制常对项目管理产生很大的压力。
1、项目管理的对象是项目或被当作项目来处理的运作
项目管理是针对项目的特点而形成的一种管理方式，因而，其适用对象是项目，特别是大型的、复杂的项目。鉴于项目管理的科学性和高效性，有时人们会将重复性“运作”中的某些过程分离出来，加上起点和终点当作项目来处理，以便在其中应用项目管理的方法，这实际上就是“项目化管理”的基本理念。
2、项目管理的全过程都贯穿着系统工程的思想
项目管理把项目看成一个完整的系统，依据系统论“整体—分解—综合”的原理，可将系统分解为许多责任单元，由责任者分别按要求完成任务，然后汇总、综合成最终的成果。同时，项目管理把项目看成一个有完整生命周期的过程，强调部分对整体的重要性，促使管理者不要忽视其中的任何阶段，以免造成总体效果不佳甚至失败的结果。
3、项目管理的组织具有特殊性
项目管理最为明显的一个特征是其组织的特殊性，其特殊性表现在以下几个方面：
1)有了“项目组织”的概念。项目管理的突出特点是项目本身作为一个组织单元，围绕项目来组织资源。
2)项目管理组织的临时性。由于项目是一次性的，而项目的组织是为项目的建设服务的，项目终结了，其组织的使命也就完成了，项目管理组织也就解散了。
3)项目管理组织的柔性化。所谓柔性，即可变的特性。项目的组织打破了传统的固定建制的组织形式，根据项目生命周期各个阶段的具体需要适时地调整组织的配置，以保障组织的高效、经济运行。
4)项目管理组织强调其协调与控制职能。项目管理是一个综合管理过程，其组织结构的设计必须充分考虑到有利于组织各部分的协调与控制，以保证项目总体目标的实现。因此目前项目管理的组织结构多为矩阵结构，而非直线职能结构。