在项目预算管理中，部门预算的各个环节都是紧紧相扣，缺一不可的，在部门预算的整个过程中，要保证预算各环节的连续性，以达到部门预算的建立有效公共财政体制的目的。
(一)科学合理性
1.预算收支规模的预测和方向要科学。首先收支预测要与国民经济社会发展状况相适应，要有利于促进国民经济协调健康、可持续发展，同时要结合本单位自身收入来源和能力，考虑自身实际的支出需求和结构，合理稳妥地预计收入，安排支出，做到收支平衡，不得编制赤字预算。
2.预算编制要科学。首先合理安排预算编制程序和时间，保证充裕的时间编制预算，保证预算编制质量，提高预算编制的效率;其次，预算编制的方法要科学，预算的编制要制定科学规范的方法，测算的过程要有理有据;第三，预算的核定要科学，基本支出预算定额要依照科学的方法制定，项目支出预算编制中要对项目进行遴选，分轻重缓急排序，科学合理地选择项目。
3.预算要有前瞻性。在编制过程中要充分考虑项目单位自身在预算年度需求、支出内容和结构，保证预算在执行过程中的可行性和可操作性。避免出现预算与执行差距过大的问题，使预算失去其控制支出、考评执行情况的实际意义。
(二)客观真实性
收支的预测须以国家社会经济发展计划和履行部门职能的需要为依据，对收支项目的数字指标应认真测算，力求各项收支数据真实准确。机构、编制、人员、资产等基础数据资料要按实际情况填报;收入预算要结合近几年实际取得的收入并考虑增收减收因素测算，不能随意夸大或隐瞒收入;支出要按规定的标准，结合近几年实际支出情况测算，不得随意虚增或虚列支出;各项收支要符合部门的实际情况，测算时要有真实可靠的依据，不能凭主观印象或人为提高开支标准编制预算。
(三)合法合规性
部门预算首先要符合《宪法》、《预算法》等法律法规的要求。部门预算的各项收支要充分体现国家有关方针、政策，并在法律赋予部门的职能范围内编制。具体来讲：一是收入要合法合规。组织基金收入要符合国家法律、法规的规定，行政事业性收费要按财政部、国家发改委和价格管理部门核定的收费项目和标准测算等。二是各项支出要符合财政宏观调控的目标，要遵守现行的各项财务规章制度。
(四)系统完整性
所有收入和支出全部纳入部门预算，各种预算外资金要严格执行“收支两条线”管理，改变预算内外资金 “两张皮”的状况，取消收支挂钩的预算核定方法，对单位的预算内、外各项财政资金和其他收入，统一管理，统筹安排，统一编制综合财政预算。编制预算时，要将部门依法取得的包括所有财政性资金在内的各项收入以及相应的支出作为一个有机整体进行管理，对各项收入、支出预算的编制做到不重不漏，不得在部门预算之外保留其他收支项目。对各项收入支出在执行中要严格按照国家、财政部规定的各项收支政策进行管理。
(五)追踪问效性
绩效是对预算的执行过程和完成结果实行全面的追踪问效，不断提高预算资金的使用效益。在项目申报阶段，要对申报项目进行充分的可行性论证，以保障项目确实必需、可行;在项目执行阶段，要建立严格的内部审核制度和重大项目建设成果报告制度，以对项目进程资金使用情况进行监督，对阶段性成果进行考核评价;在项目完成阶段，项目单位要及时组织验收和总结，并将项目完成情况报主管部门，主管部门要将项目完成情况汇总报财政部门。主管部门和财政部门要将项目完成情况和绩效考评结果分别记入主管部门项目库和财政部门项目库，并作为财政部门以后年度审批立项的参考依据，以强化对部门预算资金使用过程的监督和使用效益的考核分析，促使预算资金的安排使用由“重分配”向“重管理”转变。