组织应该有一个明确的、高层级的愿景及一系列相应的目标。这些愿景和目标又逐层地通过战略、项目集和单个项目来落实。如果组织没有这些战略层面上的规定，那么各项目就不得不自行规定项目的战略意义。这样，就有一个很大的风险：不同的项目有不同的战略方向，或者项目成果不符合组织目标。另一种可能的情况是，高级管理人员不得不为应对项目提出的政策问题而临时制定相关决策，从而导致项目延误。借助强大的项目治理安排，能够发现组织政策和战略框架中的缺陷。如果大量的决策“拥堵”在项目层面，那就可能说明组织的政策和战略框架存在问题。
如果存在“潜规则”，那对项目主权人和项目委员会来说，采购政策就是一个问题。例如，因某种原因，组织内部的某个项目交付部门与项目主权人的关系不好，或者该交付部门过去的交付记录不良，那么，项目主权人就很希望使用组织外部的供应商。但是，如果组织中有这样一种潜规则——要求优先把工作交给内部的供应商做，那么项目主权人就没法实现向外采购的愿望。这又会影响项目主权人承担项目终责的能力。组织最好对这类问题做出明确的规定，虽然这种规定又可能引发其他问题。
结构问题
这个问题以前曾经提到过，涉及项目主权人、服务交付部门及项目预算之间的协调。项目主权人必须是组织中负责相关服务交付的部门的代表，项目预算的管理职责必须也要由项目主权人承担。重申一下与这条要求有关的理由：谁掌控预算，谁就要对使用该预算的项目及其成果承担终责。所以，在项目主权人、项目预算和服务交付之间，存在不可分割的联系。但是，诸如机构重组或结构调整之类的重大组织变革，可能会破坏它们之间的联系。例如，项目预算不再由服务交付部门掌控，或者，项目主权被归属到了资产交付部门。无论是哪种情况，都会给组织成功交付项目带来较大的困难。
在ICT部门，就可能出现这种不协调的情况。组织可能把因实施ICT而引发的业务变更项目的主权归属给ICT部门。由于ICT部门只是一个项目交付部门，并非服务交付部门，因此在这种安排下，不太可能取得项目的全面成功。相关的服务交付部门必须拥有项目的主权。
资源和技能问题
实施项目治理安排会导致服务交付部门遇到资源问题。一般来说，项目经理及其团队基本不受影响。也就是说，项目交付部门或供应商方面基本不受影响。影响主要是在项目主权人和高级用户方面。他们需要抽调业务资源来为项目定义业务需求，并监督项目满足业务需求的情况。还有，随着资本投资规模的扩大，组织倾向于在项目管理领域投入资源，而忽略服务交付部门对资源的需求。这会进一步导致服务交付部门的资源紧张。