科研工作是世界进步的动力，从古至今都有科研项目的存在，其管理模式有传统、有新型，与其它行业相比，它有着自己独特的步调，在项目管理上的反而没有那么快进行改革，因此也在研发的工作流程中积累了愈来愈多的问题。
项目资源不足
这个是一个客观的难题，不是项目团队主观努力就可以完全解决的。如果只是一般的资源不足，企业可以依靠提高自身的项目管理能力，尽量降低项目成本;若是资源缺失太多，则要调整的可能项目目标与计划，甚至重新评估项目的可行性。
依赖以往经验
虽然每次项目结尾都会做项目总结，用以归纳成功或失败经验教训，但项目经理应头脑清楚，往期经验可以参考，但却不能盲目参照。因为没有完全一模一样项目过程，遇到的问题也会有差异，可以借鉴好的方法，但也要随时根据实际情况进行改良，只有进步才能创造出更好的产品。
流程监控不全
科研机构等这些老派单位在决定开展一个项目时可能会进行一个挺重大的新闻发布会等以显示重视度，但是，往往后面项目正式做时，参与的工作的人可能就没那么多了，中间发展流程缺少人员监控，易造成项目虎头蛇尾，立项轰动，成果遥遥无期。
监管过程不严
科研项目与其它项目不同，其项目截止时间某种意义上是动态的。也正因为此，没有一个硬性一定要在某个时间点完成项目的规定，就容易造成监管的难度，同时科研人员本身也会容易放松状态，令工作效率偏低。
过度依赖软件
虽然现在工具越来越必不可少，但东西都有出意外故障的可能，所以我们在使用软件享受方便的同时，要时刻注意备份一些资料、信息以防万一，不要让辅助变成没有能就不能工作的存在。所以，在项目管理工作中，及时有工具在也要记得一些相关基本信息，这样也更增强公司的业务能力。
结果验收不定
科研成果的验收，不能以是否完成某样产品来判定，其研究的成果可能有不同的深远意义。因此，当作为项目开展时，科研项目没有一个量化标准去评判，也没有一个很好评价体系的话，就会出现很尴尬的状态，无法合理判断这个团队是认真进行研究的还是又浪费经费、延迟项目的?