由于大家的工作背景、工作方式、习惯等等都不一样，因而一旦一起工作，必然需要磨合，否则就会矛盾重重。而且，有利益就会有冲突，项目中的各方利益相关者，虽然在项目上有一定共同目标存在，但是他们通过项目所获得利益却不一定相同，可能彼此独立甚至相互排斥，如此难免就会有产生冲突对立的时候。
例如，A相关方觉得现在发现的风险很重要，可能会影响到项目最后与自己有关的利益目标，应该加急优先处理;而B相关方却觉得A小题大作，将人员重点放在此事上影响项目进度，损害大家利益。这样就会破坏各合作方的关系，大家都是站在自己的利益角度，不愿松口。
查找冲突外部客观因素，提前预防
这一点与上面相关联，尤其是在一些复杂大型的跨国项目中，环境发展变化的影响可能是造成跨国项目各参与组织之间出现冲突的主要原因，也是影响这种冲突的应对和处理策略的主要因素。这些因素包括社会经济环境、各组织在行业中所处地位、所处文化环境特征，以及跨国项目的微观环境等方面及其发展变化等。这些环境因素的变化都会对各参与方造成冲突，造成影响。
另外，不同地位和文化环境中的组织会倾向于对组织间的冲突采取不同的策略，如在某些文化中，人们可能尽量避免冲突，而有些人可能更喜欢激化矛盾和冲突。
这种属于外部客观存在因素，因此，项目组在项目开始前期就做好调查，提前做好冲突防御措施，尽量让各方不要在对方的雷点上试探。
划分角色定位、权重，管理冲突
除了项目执行团队里成员各司其职外，其实各参与方组织也有着不同的角色和参与比重规划。因此，在项目管理过程中，参与组织的角色模糊或不恰当的角色期望也是造成组织间冲突的重要原因。恰当的角色建设或维护有助于明确各参与方的职责和定位，促进彼此接受各自的角色期望，从而降低冲突的强度。
项目经理既要注重基于合同的参与组织的角色确认，也要注重基于能力和期望的参与组织角色设计，使各方能够围绕着远期或者共同项目目标确定自己的角色和定位，从而改善冲突水平，促进冲突发挥出积极效果。