不管项目经理的经验多么丰富的，很少有项目是从始至终一帆风顺的，每个项目总是会用各种各样的问题来挑战项目经理的决策及执行及纠偏能力。尤其当项目经理在试图控制项目时就经常要面对一些出现的挑战：
（1）组织安排时间的影响。如果在时间报告和项目成本跟踪方面遇到组织安排问题。就会影响绩效报告的及时性和准确性。因此，在计划过程中，需要理解和明白如何报告项目时间和成本信息，以及要花多少时间来获取这方面的数据。甚至是设立具体的时间报告或批准程序来确保控制系统的完整性。
（2）项目经理不情愿或任务繁重。一般来说，项目经理不太情愿需要由项目团队成员制定的WBS层级时间报告。另外，如果项目经理的任务繁重，就没有足够的时间投入到项目控制中去。当项目经理同时担任多个角色或者负责多个项目时最容易出现这种情况。
（3）无法准确衡量进度。无法准确衡量进度是产出无形产品的工作任务中自然会遇到的难题，尤其是当项目状态是估算出来的时候。如果工作定义不清楚，又没有设立正式的标准，或者不按要求汇报工作的话，这个问题会更加复杂。
（4）缺少变更控制。最普遍的原因就是缺少变更控制程序。如果项目范围扩大，而项目进度计划和预算又没有做出适当调整时，缺乏变更控制程序就会带来很多问题。
（5）没有设定完成标准。如果没有给工作任务清楚地设定完成标准，就很可能会增加返工次数，更难以准确地报告进度或状态。
（6）没有指定预算。如果没有设立并控制进度计划和预算，就无法准确地衡量绩效偏差，因此也就不大可能尽早发现问题。
（7）执行不一致。如果对控制程序的执行不一致，就难以尽早识别绩效偏差，更难与让项目团队成员遵循定义好的控制程序。
（8）隐性工作的影响。这主要是工作定义和变更控制方面的问题。在未识别的工作任务、未预料的返工或超出项目范围的工作上所做的努力，会给项目控制程序的准确性和有效性带来影响。
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