虽然随着项目管理知识的普及、项目管理系统的应用，项目管理水平得到了显著的提升，但在实际情况中，仍然有这样或者那样的问题会影响成本预算的合理性与准确性。成本超支的一般化原因主要包括以下几个方面。
(1)预估值偏低
较低的初始估算在带来好处的同时，也形成了日后项目成本超支的隐患。形成偏低估算的原因一般是对项目范围的误解所造成的。有时初始估算偏低很可能是故意的，当项目申请者认为高层管理者不可能支持估算过高的项目成本计划时，为了使项目通过批准，他们会按照高层管理者同意的既定约束进行成本估算。当然，偏低的成本估算也有可能是由于估算错误或者疏忽造成的。不论是哪一种原因，都会导致成本超支。初始估算偏低的另一个原因可能是忽略了项目同其他组织的关系。如果不考虑组织环境，只是单纯地列出项目活动的成本支出，这样其实是假设项目团队能够在一段不切实际的时间内完成任务。偏低的估算也有可能是企业的低估倾向所造成的。例如，在有些组织中，所有项目的参与者都了解成本超支属于技术性的失误，并不会结束一个项目经理的职业生涯。因此，为了获得项目的批准，项目经理们普遍低估项目成本，一旦项目获得批准，在项目执行过程中，项目经理再要求追加项目资金，结果导致严重的成本超支。政策因素也会导致项目团队或高层管理者对成本过于乐观，从而减少初始成本估算，尤其是这些因素与当初希望的结果相悖时。
(2)无法预料的技术困难
成本估算中的一个普遍问题是：预先假设项目中遇到的技术困难常常会较少。一般来说，成本估算通常采用假设其他条件不变，项目需要多少成本的估算模式。而实际上，其他条件不变的情况是非常少的，特别是经济形势和经济环境总是发生变化的。要提高项目估算的有效性，就必须严格发掘潜在的技术难题、初始运转问题或其他技术风险，这样才能使预先假设的情况同实际情况相吻合，从而对项目成本有一个全面的估算。同时，由于新技术、创新措施和技术进步经常伴随着设计和测试上无法预料的风险，而且这些风险有时候会导致巨大的财产损失，甚至是悲剧性的生命损失，所以无法预料情况的出现更会导致成本估算的偏差。
(3)缺乏准确完整的项目范围定义
当范围定义不完善时，往往会使成本估算者不能清晰掌握所需要估算项目的特征、目标等信息，缺乏对项目的透彻理解，因而很容易导致成本估算失败和成本超支。所以，成本估算和预算过程必须严格遵守范围说明书和工作分解结构的要求。倘若这些工作步骤没有被严格执行，则任何对项目成本的合理估算都不可能是准确的。
(4)范围蔓延
项目管理中影响成本估算和控制的一个重要因素就是中途范围蔓延，许多项目都出现过这种情况。例如，IT项目就经常由于增加新特征、重要改变和更新处理等要求而变得面目全非。当一个项目的项目范围和规范发生突然变化时，项目就会出现严重超支的现象。事实上，在很多公司，尤其是那些习惯中途调整项目范围的公司，其初始估算成本很可能是毫无实际意义的。
(5)外部因素 通货膨胀等经济因素可能导致项目成本超支，甚至超支数倍。事先没有考虑无法预料的世界性原材料短缺或金融危机所做出的成本估算，也会很快变得没有实际意义。还有其他的外部因素，如政治问题，它有可能影响项目的实施过程。