总体而言，中国软件系统集成业已取得了令人瞩目的成就，但仍有许多问题制约着中国系统集成业的进一步发展。笔者通过对20多家企业的访谈发现，存在的主要问题包括以下几个方面：
1) 系统集成业发展的外部环境还很不完善
在北京、济南和西安的访谈中，几乎所有从事系统集成的软件企业都提及，外部环境的不完善是制约中国系统集成商进一步发展的重要障碍。外部环境的不完善主要包括两方面：市场竞争环境和用户观念。
首先是市场中存在严重的不公平竞争，主要表现在以下几个方面：①地方保护主义和行业保护主义导致市场的条块分割，这在电力等行业表现的极为突出。相当多的电力公司在本地面向电力行业的软件公司中持有股份或具有其它利益关系，从而导致外中国信息系统集成产业发展初探地高质量的软件系统很难进入。②由于系统集成项目招投标过程缺乏有效的监管机制和监管机构，虽然信息系统的招投制度已实行了好多年，但很多招投标过程仍流于形式，人际关系、公司背景等代替技术和价格成为中标的主要因素。由于市场结构的条块分割，导致很多在技术上具有优势的系统集成商难以专注于某一行业，通过行业知识的丰富来从中积淀出产品，这也是导致中国很多系统集成商效率低下的重要原因。
其次，是用户观念。同中国信息产业发展中“重硬轻软”传统一脉相承，中国用户对于软件价值的认识还有待提高，他们愿意为有形的机器支付巨额费用，但对作为应用灵魂的软件价值却缺乏应有的认可。这直接表现在用户的投资分配上，国外系统集成的投资分配一般是硬件占15%、系统软件占25%、应用软件占45%，其它的(包括网络)占到 15%，也就是说应用软件要占到差不多一半;而国内应用软件一般只有10%-15%。由于用户普遍对软件价值缺乏认可。为软件支付的价格尚不足补偿开发成本，系统集成商只能通过硬件来补贴软件。由于投入不足，信息系统功能大受影响。
2) 中国系统集成企业劳动生产率低下
与国外相比，中国系统集成企业的劳动生产率十分低下。相关资料表明，中国软件业每个开发人员每年的产出只有25000美元，这仅相当于发达国家的1/7～1/8。系统集成业劳动生产率低，根本原因在于企业对用户所处行业的背景知识缺乏。
按照目前全球范围最通用的软件开发瀑布模型(Waterfall Model)，对于系统集成企业而言，其项目开发过程中的知识可以分为行业知识和计算机知识两部分。其中越是靠近系统集成附加值的高端，行业知识的作用就越重要。
在整个系统开发过程中，通过需求分析实现对用户需求的准确把握是整个信息系统实现工程化建构和开发的基础。只有对客户所在行业有着深刻的理解，才能提出有针对性的问题，形成对用户需求准确的把握。如果需求分析出现偏差，则后面修改的成本将会成倍提高。目前，由于缺乏行业知识，很多中小企业只能采用原型法不断尝试反复修改，生产效率十分低下，项目进度难以保证，用户满意度也不高。
系统集成企业行业知识的缺乏原因包括以下几个方面：一是上面提及的市场的条块分割导致系统集成企业无法专注于某一行业深入发展，因此难以形成对该行业的知识积淀;其次是多数企业是软件技术人员占主导地位，过于专注于信息系统的技术性(包括技术平台的选择、开发语言和工具等)而对其社会性因素考虑不够，忽视行业背景知识在信息系统开发中的作用;最后，由于教育和培训体制的不健全，缺乏具有行业知识和软件技术的复合型高级人才。
系统集成企业劳动生产率低下的另一个原因是系统集成企业总体规模比较小，系统开发的工程化水平比较低。国内大多数系统集成企业规模比较小，同时尚未在某一领域建立品牌优势，难以专注于某一个行业，因此软件开发的工程化水平比较低。大多数系统集成企业仍以手工作坊的方式进行开发，软件复用率低于30%，有些甚至低于10%。大多数从事系统集成的公司软件过程管理的能力还比较差，在开发质量、交货时间和预算控制上都存在明显差距。例如，印度软件项目的及时交货率可以达到95%，而中国即使是项目管理比较好的中创软件也只有70%。