在项目管理系统中，如果要对成本进行核算，那么就需要采用一些科学有效的方法，而这些方法互为补充，各具特点，形成完整的项目成本核算体系。
（1）项目成本会计核算方法
项目成本会计核算方法是以传统的会计方法为主要的手段，以货币为度量单位，会计记账凭证为依据，利用会计核算中的借贷记账法和收支全面核算的特点，对各项资金来源去向进行综合，系统完整地记录、计算、整理汇总的一种方法。通过利用会计核算方法，具体核查在项目运作过程中的各种内外往来支出，反映项目实施过程中货币的收支情况，并利用会计核算得出各种数据，进一步判断项目的经营成果及盈亏情况，及时做好资金调度筹集、管理运用，保证项目实施各个环节地正常运行。这种方法一般核算范围较大，核算程序严密、逻辑性强，人为因素较小，但是对相关的工作人员要求比较高，需要达到较高的专业水平并具有丰富的经验。
（2）项目成本业务核算方法
项目成本业务核算方法是对项目中各项业务的各个程序环节，用各种工作需要而建立的核算制度，通过对各项业务活动建账建卡，详细记录发生业务活动的具体时间、地点、计量单位、发生金额、存放收发等情况，考察项目过程中各项业务的办理效率与成果，并及时做出相应调整。这种方法的核算范围比会计核算的范围更广，对已经发生的、正在发生的、尚未发生的业务活动都要进行核算，并判断其经济效果。另外，业务核算每次只是对某一项业务进行单一核算，并不提供综合性的指标数据。业务核算的内容既有价值量，也包括实物量，是数与值的双重完整核算，为会计核算和统计核算提供各种原始凭证，是会计核算方法与统计核算方法运用的基础。
（3）项目成本统计核算方法
项目成本统计核算方法是建立在会计核算与业务核算基础上的一种成本核算方法，利用会计核算和业务核算中提供的原始凭证及原始数据，用统计的方法记录、计算、整理汇总项目实施过程中的各种数据资料（其中，主要的统计内容有产值指标、物耗指标、质量指标、成本指标等），最后形成统计资料，分析整理揭示事物发展变化的原因及规律，并进行统计监督。这种方法的计量尺度比会计核算方法更宽，既可以采用货币计量，也可以用实物或劳动量计量。统计核算的灵活性还表现在既可以提供绝对数指标，也可以提供相对数和平均数指标；既可以计算当前的实际水平，也可以预测未来的发展趋势。
（4）项目成本表格核算方法
项目成本表格核算方法主要是建立在内部各项成本核算基础上，通过项目的各业务部门与核算单位定期采集相关信息、填制相应表格，使各种核算数据以一系列的表格形式存在，形成项目成本核算体系的一种方法。这种方法建立在对内部的各项成本信息及时采集并形成表格形式的基础之上，之上，具有简洁明了、易于操作、实时性较好的优点，其不足之处是覆盖范围较窄、精度较差，若审核制度不严密，还有可能造成数据失实。
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