项目中的参与组织众多，不同组织之间既有共同的利益和目标，也有彼此独立甚至相互排斥的利益和目标，所以它们不可避免地会带来冲突。
许多立志于建立高效团队的管理者谈到“冲突”都闻风色变。的确，在传统意义上冲突被认为是造成不安、紧张、不和、动荡、混乱乃至分裂瓦解的重要原因之一。但过于担忧的心态其实并不利于我们应对冲突，那么究竟应以何种态度正确面对呢?
冲突是一种沟通方式
冲有两种不同的性质，凡能推动和改进工作或有利于团队成员进取的冲突，可称为建设性冲突;相反，凡阻碍工作进展、不利于团队内部团结的冲突，称为破坏性冲突。其中建设性冲突对团队建设和提高团队效率有积极的作用，它增加团队成员的才干和能力，并对组织的问题提供诊断资讯，而且通过解决冲突，人们还可以学习和掌握有效解决和避免冲突的方法。
一个团队如果冲突太少，则会使团队成员之间冷漠、互不关心，缺乏创意，从而使团队墨守成规，停滞不前，对革新没有反应，工作效率降低。如果团队有适量的冲突，则会提高团队成员的兴奋度，激发团队成员的工作热情，提高团队凝聚力和竞争力。
综上，冲突是另一种形式的沟通，冲突是发泄长久积压的情绪，冲突之后雨过天晴,双方才能重新起跑;冲突是一项教育性的经验,双方可能对对方的职责极其困扰,有更深入的了解与体认。冲突的高效解决可开启新的且可能是长久性的沟通渠道。
允许和维持适度的组织冲突水平
实际上，项目的参与组织都必须认识到，有些冲突是有害的，但是有些建设性冲突是有利的，所以允许和保持适度的冲突水平对改善跨国项目管理和决策有着重要的意义。适度的冲突不仅有助于在各方之间保持一定的竞争性以提高跨国项目的效率，还可以保持和提高各参与组织成员的组织认同感和凝聚力。
项目经理要维持适度的冲突水平，就需要各参与组织以积极的态度对待冲突，建立适当的冲突释放机制，甚至建立冲突释放或意见表达的规范，从而使各参与组织能够更理性地去理解和对待各种冲突及其表达方式。