建设工程合同在司法鉴定中，避免出现以下常见的四大问题可以在一定程度减少建设工程合同的纠纷。常见的四大问题是：依法应做工程质量鉴定，却委托先做工程造价鉴定;应该鉴定的未予鉴定，不该鉴定的却委托鉴定;超越资质等级的鉴定机构所作鉴定结论不能作为定案依据和委托鉴定应当确有必要，下面为您介绍。
一、依法应做工程质量鉴定，却委托先做工程造价鉴定
例如一起建筑工程质量、工程款、工期纠纷案件，建设方作为仲裁申请人向某市仲裁委申请仲裁称：双方签署《建筑工程施工合同》价款600万元，履行合同过程中，建设方已付工程款458万，在不拖欠工程进度款的情况下，施工方拖延工期130天、对已完工程存在的质量问题既不整改修复、未完工程也不继续施工，因此，请求解除合同;交付工程，承担违约责任。被申请人施工方就建设单位反请求，要求支付拖欠工程款162万元并享有优先受偿权。仲裁庭就涉案工程是否通过竣工验收进行了质证，双方分别提供了相反的证据予以证明，质证以后，仲裁庭终止审理，在未对涉案工程是否通过竣工验收进行认定情况下，组织双方就工程造价事宜进行谈话，并通知审价单位到场，最终先做了工程造价鉴定。
在工程质量尚未被认定为通过验收的情况下，不具备支付工程结算款的条件，先做工程造价鉴定没有意义，从《合同法》279条规定及最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干问题解释》简称《司法解释》第二条规定得出的结论是，工程质量经过验收合格，支付合同价款的时间已届满，施工方请求支付工程款才具备条件，在涉案工程存在质量问题的前提下，应就该工程质量是否达到双方合同约定的质量标准，是否具备《建筑工程施工质量验收标准》的验收标准和条件：质量问题产生的原因、责任：是否达到设计要求：是否要做出修复方案及修复方案的造价估算等进行工程质量鉴定后，才能做工程造价鉴定。在上述问题均没有解决的情况下，所做出的工程造价鉴定结论就成了无源之水无本之木了，回过头来，再做工程质量鉴定，如此以来，不但增加了诉讼成本、拖延了诉讼时间，加重了当事人利益的损害，还激化了双方的矛盾，不利于社会的和谐稳定。
二、应该鉴定的未予鉴定，不该鉴定的却委托鉴定
在一起建筑工程结算案件中，施工方作为原告起诉建设方，称工程竣工验收合格后，其将工程结算报告送交建设方，建设方对该结算报告既没有提出异议，也不给付工程款，因而请求判令建设方按结算支付工程款。一审法院以被告对结算报告未提出异议为由，判决被告依据原告的结算报告支付工程款。案件上诉后，二审法院查明建设方对工程结算并不认可，且提出了司法造价鉴定的意见，遂以事实不清发回重审，要求进行司法审价鉴定。这是一起典型的应该鉴定的未予鉴定案例，《司法解释》20条规定的逾期不结算视为认可结算的两个条件是;一是双方约定了竣工结算的期限;二是也约定了超过了结算期限不予回复的视为认可结算。
司法实践中对依据一方的结算文件进行处理的情形须慎之又慎，除非有充分的证据证明对方收到决算报告后，无正当理由拒不支付工程款或消极对待耍赖皮，否则，不能轻易地依据单方做出的决算报告。作为判决对方支付工程款的依据。又如一起拖欠建筑工程款纠纷，原告为被告承建办公楼工程，工程量及工程款均经被告项目的负责人签名认可，且以建设方的名义给原告出具了付款计划。后建设方项目负责人辞职，被告对其原项目负责人签名的工程量和工程款均有异议，并在工程已交付使用2年后提出了质量问题。一审法院遂委托两个部门分别对工程造价和质量进行鉴定，两个鉴定结果对工程所用钢材的数量竟差108余吨，且将没有计入工程造价的未完工程也列入修复范围。如此以来，双方当事人矛盾异常尖锐，错误的委托鉴定给案件处理造成很大被动。
工程价款是否需要造价鉴定的判断标准是，合同双方是否对工程价款已经确定。上面的情况是其中之一，就是双方对结算价款已经签章认可施工方给建设方结算书里面载明的价款，当然这个价款已经确定，无需再做审价鉴定。另一种情况是当事人一方已经委托外部的审价单位进行了审价，且双方对审价结论认可，工程价款已经确定，也不需再委托司法造价鉴定。