尽管绝大部分工程项目在安全管理方面采取了一定措施，加大了监控力度，但与上级要求相比，还存在较大差距。主要存在以下四个方面的问题：
(一)对安全生产的规律性认识不足，准备不充分，仓促上阵，被动应付。
对安全生产的规律性认识不足，不能主动地、有针对性地加强预防和应对是安全事故发生的最直接的根源。新建铁路和铁路客运专线质量标准高、技术标准严，对砼性能的耐久性和耐腐蚀性要求高;移动模架生产大体积、大吨位砼箱梁，对地基承载力和高空作业安全提出了前所未有的挑战;长大隧道施工大量地采用新技术、新设备、新工艺，也只有在地质超前预报并对特殊地质采取相应对策的前提下，才能确保安全、质量和进度。然而，一些项目主管对此认识不足，思路和对策还停留在120km/h以下铁路施工模式上，对出现的新情况新问题认识不足，应对不充分，仓促上阵，被动应付，致使安全隐患频出，苗头频现，焦头烂额，精疲力尽。
有的隧道施工在光面爆破或三台阶开挖后，仰拱填充或二次衬砌不及时跟上，有的项目甚至进洞二、三百米，还没有进行仰拱填充，甚至于衬砌台车还没有到位。还有的同志片面认为只要隧道一进明洞，安全生产就等于上了保险，配不配安全员都无所谓;在有的项目，安全员被当作专门领取、发放爆破物品的“专管员”，缺乏对工序施工过程的有效监控。思想认识上的误区，导致安全过程监控中的“掉链子”或脱节，是安全事故发生的一个突出表现。项
(二)专兼职安全员责、权、利不对等，安全监管终极责任得不到落实。
尽管一些工程项目的三级安全监控网络都上了墙，但真正落实安全监控终极责任的项目不多，尽管发生安全事故的项目只是少数，但出现大的安全隐患和事故苗头的项目不在少数。
安全监管终极责任得不到落实是安全事故发生的一个重要原因，而安全监管终极责任的缺失很大程度上源于专兼职安全员责、权、利不到位。通常，企业给予专兼职安全员的各种待遇普遍偏低，通常将其定位于一般业务人员，相当一部分拿的是普通工人的工资薪酬。各种待遇的偏低，一方面影响着专兼职安全员工作积极性的发挥，另一方面因为职责、权限受限，当他们发现安全隐患或事故苗头后，必须请示部门领导和项目主管领导才敢作出处罚决定，对重大安全隐患不敢越级反映，甚至在报告项目主管领导数次无果的情况下，仍然不能及时果断地采取措施。关键时刻，安全管理“掉了链子”，很容易出现失控。
专兼职安全员有时不得不面对的一个尴尬处境是：在正确履行安全管理责任和“犯颜直谏”得罪领导面临下岗之间做出选择，鸡蛋和石头的关系，形容专兼职安全员与项目主管也不为过，这道选择题的答案出乎常规也是意料之中的事情。
(三)对安全事故的相关责任人处罚不力，是导致安全事故一再发生的一个重要因素。
对安全事故的相关责任人处罚不力，客观上，对企业的安全管理工作带来“人为”地死角，同时，也给不正确履行安全生产管理责任而出现安全事故的相关责任者，尤其是负有领导责任和直接责任者以侥幸心理，认为麻痹大意、违章指挥、违章施工和监控不力是理所当然的，从而造成一种不负责任、相互推诿、人浮于事、效率低下，不仅对企业的社会信誉是一种极大的损害，而且，企业员工也由于缺乏一种诚信度和责任感而变成一堆散沙，对企业的凝聚力和向心力也是一种无声地伤害。这是问题的一个方面。