跨国软件外包项目团队的结构与一般项目团队的结构上也存在一些的差异，它的结构也一定程度上依赖于跨国软件外包企业的组织设计。
项目团队的组织结构主要包括：项目经理、业务经理、技术经理、测试经理、配置管理经理、资产管理经理、软件质量保证经理、人力资源经理和项目成员。其中项目经理、技术经理、测试经理、配置经理和软件质量保证经理是一般项目中都会存在的。业务经理岗位是在业务需要的时候会设立的，其一般来自全球销售和客户解决方案部门，主要负责该项目与客户的业务交流和为项目团队提供业务方面的咨询服务。而资产管理经理则是在客户对该项目存在资产管理的需求的时候设立的，其一般来自资产管理部门，主要负责对本项目的开发和实施过程进行资产管理核算以及为客户提供相关服务。而国内的很多企业还没有资产管理经理的职位，也就是说还没有意识到业务流程外包业务的重要性。
因为公司会有很多大的项目和团队在进行开发，一般采用矩阵结构进行部门划分，为了各个项目的顺利进行，经常会有人员的调配工作。所以，有些员工行政上属于中国团队，但是其工作可能是在西班牙团队，员工的权责分配和管理存在多重性。有些团队的管理方式还是一种行政型或弱矩阵，项目成员都来自于不同的部门并向不同部门的领导汇报，比如中国的部分员工会同时需要向中国团队和把巴西团队汇报。当沟通破裂和关于项目成员绩效的反馈机制不完善的时候，问题浮出水面。项目成员很清楚这些问题，他们往往利用这种差距和沟通的缺陷，转变为对他们自己有利的好处。故此采用强矩阵结构将是比较好的选择。团队精神和工作绩效需要经历形成期、震荡期、正规期之后，才能到达稳定的表现期不同时期团队建设的方法。
(1)形成期：多组织沟通、交流会，让大家尽快彼此熟悉并进入“合作”的工作状态;
(2)动荡期：加强沟通和交流，澄清一些谣言或误解，解决成员之间互相猜忌和不信任等问题;
(3)正规期和表现期：应用和完善激励制度、举行团队建设活动，不断激发团队成员的士气，让工作效率稳定或不断提高;
团队建设是项目经理工作的重要组成部分，项目经理不但要选择合适的团队成员，更要注意团队的建设。团队建设的形式有很多种，包括体育运动、户外运动、聚餐、游戏等。在进行团队建设的时候，需要注意团队所处的阶段，针对不同的阶段进行不同的活动。特别对于跨国团队，团队建设尤其重要，有效的团队建设可以消除文化差异、提高团队沟通效率、提高团队工作效率。
在设计项目管理过程时需要遵循项目管理的五个步骤，并且为了保证公司的软件过程是比较统一的和可以指导大部分项目开发的，需要使得企业的没有裁减之前的过程是全面的，尽量能够兼容客户的过程定义。然后，每个项目需要从实际出发，裁减出适合自身的文档结构、文档组成、制度规范来贯彻执行。 比如，根据公司的需要，应用系统开发过程需要三个活动即可：设计应用程序、设计测试用例和获得客户许可。但是为了更好的兼容性和可裁减性，可能会设计更多的活动，如下：总体设计、概要设计、详细设计、单元测试用例、功能测试用例、性能测试用例等。