铁路工程项目管理体制存在不利于经济发展的因素，也就是其滞后性，这就要求管理体制进行大刀阔斧的改革，然后对铁路工程项目管理体制进行创新进行深入的思考。
一、传统铁路工程项目管理体制弊端显现
铁路建设是带动我国国民经济十分重要的部分，而铁路工程项目管理在铁路基础建设中发挥着巨大作用。然而，随着经济的不断发展，尤其是我国加入WTO组织之后，原来铁路工程管理传统体制开始出现无法适应的情形。
长久以来，在以前的计划经济体制之下，铁路工程建设施行的是这样一种体制：铁路工程的建设指挥部、设计部门、施工部门以及资源供应部门分工明确，互相协作。这种传统的管理体制，在铁路工程建设和促进国民经济发展中曾经做出过突出贡献。然而，随着经济环境的变化、技术的飞速进步，现代铁路工程项目规模扩大，工程内容趋于复杂，原有的以铁路建设指挥部为主体的项目管理体制，存在建设时间跨度长、工程费用超额、综合效益不高等弊端。具体来讲，传统的铁路工程项目管理体制存在着以下弊端：
1、建设队伍临时组建，非专营
一般铁路工程项目建设的队伍均为临时组建，稳定性差。建设工人临时组建，对铁路建设的方法、程序和相应法规了解不够，专业水平不够，缺少相关经验。使用单位临时组建，将工程建设与人员使用混为一谈。指挥部门临时组建，项目完成后撤散或转移，无法进行经验的积累和传递，对后续建设是极大的资源浪费。
2、工程建设指挥管理不当，非专业
工程建设指挥部专业水平不高，经验不足，缺乏相应的项目把控能力和人员管理能力，管理人员的素质不均匀。工程项目管理的领导会将整个项目管理视为行政管理，采用行政管理的手段进行项目组建和管理，这样就导致指挥管理与项目内部运行规律不符合。而且，工程项目管理指挥部门也会将专业的工程管理或工程承包公司排除在外。
从这些弊端来看，这就要求我国铁路项目管理体制需要进行改革，并且持续创新，不断提升自身的项目管理水平，不断走向国际，与国际水平接轨。
二、铁路工程项目管理体制方面的改革与创新
1、恰当处理铁路工程项目管理的多样化和规范化
当前经济环境下，由于项目主体和项目本身性质的不同，铁路工程项目管理存在管理方式的多种形式，多样化明显。
国营企业与民营企业的经营各有利弊。顺应市场经济环境成长起来的民营企业则采用项目经理的管理形式，而且各民营企业的管理形式也有所差别。国营企业推行工程项目管理时，需要转换经营的机制，对传统管理体制有所优化。民营企业进行市场化资源分配进行项目建设管理和作业，不对作业进行分层管理，组织和运行方式比较独立和固定，对市场的适应能力强。但是，这种管理模式对铁道部实行的大标段(10亿元甚至50亿元)造价额来讲，很难适应，所以民营企业无法做大做强。
在铁路工程项目管理中，要处理好多样化和规范化的管理，不断优化项目施工条件，充分利用各施工要素与资源，根据施工项目的多样性进行相应的项目规范化管理。为确保项目施行的一致性和规范化，提高项目施工效率，需制定一套符合不同项目特点并且可行性高、易于操作的管理规范。
2、增强项目的管理效果，加强项目管理策略研究
工程项目管理，是进行项目高效运作机制构建的良好平台，也是内部管理水平不断提升的尖刀和基石。总的来讲，项目管理除了有一套科学化和规范化的运行机制和系统之外，还需要有经营者和管理者不断的激励与有效的约束，以及与这些内容相配套的组织架构和运营管理方法。项目管理模式从一开始的利用方法和利用工具的定位，逐渐向项目管理策略进行转变，在项目建设中发挥很大作用。
另外，加强铁路项目管理的战略管理和战略规划，不断提升铁路建设的施工质量和服务水平，加快科技创新，缩短项目建设的周期，优化管理，提高铁路工程项目管理的经济效益和社会效益。
因此，加强铁路工程项目的管理策略研究，以项目管理为核心，不断增强项目的管理效果和建设水平，是当前铁路建设相关部门乃至行业和院校不断研究的重要课题。
3、明确铁路工程项目管理的管理主体
随着我国经济体制的不断深化改革，铁路工程项目管理在施工程序、管理制度、法人制度、合同制度、监理制度等各方面不断完善，日趋严密化、规范化和科学化。但是，由于铁路建设和施工单位在长期的惯性下，在短时间内还无法从计划经济体制下管理中脱离出来，致使铁路工程项目从勘探、设计到施工等各个环节，存在行政力量的强势介入，没有足够的科学的监督，难以保证整个工程施工质量。而且，建设单位在缺少资金约束的情况下，出现超支现象。
所以，在铁路工程项目管理和建设过程中，需要明确管理主体，弄清政府、投资方和施工方三者之间的关系，实现工程建设投资、管理、建设和运营分开。在这方面，可以不断学习和参照国外现金的管理经验和管理模式。
4、加强对项目管理人员的专业培养
从前面我们提高，在铁路工程项目管理中，需要加强的对项目管理效果和策略的研究，这就对项目管理人员提出了更高要求，使项目管理人员的眼光从单纯的项目管理上升到战略发展的全局角度。因此，需要加强对项目管理人员的专业培养和战略提升。
首先，管理人员需要对整个系统工程有全局把握，探明项目运行内在规律，对相应的功能、方法、技术、程序以及人员、资金各个方面，有较为专业的了解，同时具备项目创新能力，争取为项目建设创造最高效益。当前美国的PMBOK(项目管理知识体系和专业证书制度)成为世界公认的全球性项目管理标准，既强调项目管理人员的知识、文化体系，同时对管理人员的专业技能和全面素质提出了综合要求。
5、推行铁路工程项目代建制
工程项目规模不断扩大，建设内容日益复杂，工程项目管理开始发生过渡，也就是从业主自行管理向委托咨询机构管理，由施工委托监理向施工全过程委托的“代建制”管理。
铁路工程项目管理可以采用代建制，铁道部组织投资公司，确保其投资主体地位，对项目建设全过程进行资金管理;将具有建设单位资质的公司确立为项目管理单位，负责对项目开展的可行性研究、工程监督和项目管理;铁道部主要对投资、市场和监管进行评估，其它部门通过市场竞争机制进行价值体现。
6、其它方面的完善和创新除了以上方面之外，铁路工程项目管理还需要进行不断的完善和创新。建立科学的工程项目管理制度，对各写作部门进行准确把握和调控;建立与项目适应的绩效考核考评机制;建立工程管理项目的知识共享库，对施工经验和资源共享，总结经验基础上不断创新和发展，提高后续工程管理效益。